Hilang Dari Istana memaparkan kisah perebutan kuasa yang berlaku di Istana Melaka. Campur tangan Raja Rekan yang cuba menguasai pentadbiran Sultan Melaka yang masih kecil. Raja Rekan ialah ayahanda saudara Sultan Melaka mula berasa kesenangan hidup di istana dan mahu menggunakan kekayaan istana untuk faedah dirinya sendiri. Baginda telah berjaya mempengaruhi Puteri Rekan sepupunya terlebih dahulu dengan fikirannya. Raja Kasim pula sepupu Sultan yang baharu telah terlepas mendapat takhta itu. Baginda melihat tindak-tanduk Raja Rekan dan berundur dari istana untuk mencari kekuatan yang baharu. Ke manakah baginda pergi dan apakah perancangan baginda?